Nonostante sia stato ingannato dai suoi colleghi, aver riacquisito la funzionalità della gamba ha reso House un uomo nuovo e, sorprendentemente, più simpatico. Una bella novità che purtroppo dura meno di quanto Wilson e Lisa si aspettavano, perché ben presto il dolore si riacutizza rendendo House un dottore anche più cinico di prima. Una situazione, tra l'altro, che lo mette in serio pericolo quando si comporta in malo modo con un paziente, un poliziotto. Lui prima lo arresta e poi cerca di fare l'impossibile per impedire ad House di praticare, soprattutto quando scopre che è dipendente dal Vicodin ed è disposto a tutto pur di averne dell'altro. Nel frattempo, anche il suo team vive un momento di crisi. Stanco dell'atteggiamento di House, Foreman pensa di dimettersi. Idea che, dopo il licenziamento di Chase, anche Cameron valuta con attenzione.
CuriositàDopo il successo riscosso da Dr. House in Italia su Italia1, nel 2007 Mediaset decise di proseguire la programmazione della seconda parte della terza stagione sul canale principale del gruppo, Canale5.
House sembra un uomo nuovo. Guarito dalle ferite d'arma da fuoco e riacquisito l'uso della gamba, il dottore è diventato incredibilmente gentile e dedito al movimento. La sua cocciutaggine, però, è ancora tutta lì e ne fa uso smisurato in entrambi i casi di cui si sta occupando insieme al suo staff: una donna rimasta paralizzata dopo una lezione di yoga e un paralitico finito volontariamente in piscina con la sua sedia a rotelle. House è convinto che l'uomo possa tornare a muoversi, ma dopo innumerevoli analisi e tentativi falliti, la Cuddy gli vieta di somministrargli il farmaco che secondo il dottore lo guarirà per sempre. In realtà la Cuddy procede con l'iniezione scoprendo che House aveva ragione. Tuttavia, in accordo con James, decide di tenerglielo nascosto.
CuriositàLe scene esterne ambientate nel campus universitario visibili in questo episodio sono state girate alla UCLA, nota anche come l'Università della California.
Mentre Cameron è del tutto contraria all'idea di Lisa e James di tenere nascosto a House il fatto che aveva ragione con la sua precedente diagnosi, quest'ultimo torna a fare i conti con i dolori alla gamba. Cerca di far finta di stare bene, ma inizia a capire che potrà fare a meno del suo bastone ancora per poco tempo. Nel frattempo, un bambino è portato in ospedale in seguito a una terribile crisi. House non crede alle dichiarazioni del ragazzo, il quale ammette ripetutamente di essere la vittima di alcuni esperimenti alieni. Nuove analisi aiuteranno i dottori a scoprire che il giovane, in realtà, ha un DNA che non gli appartiene.
House e il resto dello staff cercano di capire cosa c'è alla base del malessere di un famoso ricercatore medico. Nonostante le tante analisi, i dottori non riescono a darsi una spiegazione. House però non si dà per vinto e pretende di fare nuovi accertamenti scontrandosi con la volontà del paziente, il quale vuole lasciarsi morire. Nel frattempo, mentre il bastone ritorna nella sua vita, House cerca di tenere testa a una giovanissima donna, la quale è terribilmente attratta da lui.
La Cuddy inizia a essere ossessionata da House quando provvede alla sostituzione della moquette nell'ufficio di quest'ultimo, sporca di sangue dai tempi della sparatoria, e lui insiste affinché tutto sia riportato com’era prima. Per ottenere ciò che desidera, House decide di fare un patto: lei gli ridarà la sua moquette e lui, in cambio, respingerà le avances di Ali, la giovane figlia di uno dei suoi pazienti. Nel frattempo, House e il resto dello staff sono alle prese con un caso difficilissimo: un ragazzo autistico in preda a ricorrenti spasmi.
Una giovane donna, coinvolta in una rapina insieme al marito, è portata in ospedale in preda a una grave crisi respiratoria. House, infastidito dal modo esagerato in cui i due ragazzi si amano, cerca di capire la causa del malessere, e nel frattempo tiene testa all'ira della Cuddy, preoccupata per una possibile denuncia contro l'ospedale avanzata da un paziente di House, che quest'ultimo non ha trattato certamente con i guanti di velluto. Intanto le condizioni della giovane donna non fanno che peggiorare e la situazione si complica ulteriormente quando anche suo marito inizia a mostrare gli stessi sintomi. Dopo nuovi accertamenti, House e il suo staff scoprono la causa della malattia, molto rara ed ereditaria. La verità imprevedibile è che i due ragazzi sono fratellastri.
House scopre sulla sua pelle quali sono le conseguenze dell'aver trattato male uno dei suoi ultimi pazienti. Tritter è un poliziotto e attua la sua personale vendetta arrestando il dottore dopo averlo fermato mentre si trovava a bordo della sua moto. Così, ora House si trova a fare i conti con una pesante accusa, resistenza a pubblico ufficiale, e la sua situazione peggiora ulteriormente quando Tritter, in seguito a una perquisizione nel suo appartamento, trova una quantità esorbitante di flaconi vuoti di Vicodin, i quali gli fanno pensare che il dottore sia un tossicomane. In realtà House ha delle prescrizioni, ma il numero eccessivo di farmaci non gli danno credibilità, specialmente quanto Tritter inizia a sospettare che House abbia falsificato la firma del Dr. Wilson per ottenere nuovi flaconi. Nel frattempo, Cameron prende a cuore il caso di un uomo obeso finito misteriosamente in coma.
CuriositàQuesto episodio è stato premiato con un Emmy per il miglior trucco.
House si prefigge una nuova missione impossibile: svegliare un uomo dal coma. Ciò gli permetterà di scoprire per quale motivo il figlio di quest'ultimo si è gravemente ammalato. Wilson cerca il confronto con House circa la questione del blocchetto delle prescrizioni mediche che quest'ultimo gli ha rubato. Nell'intento di distruggere House, Tritter mette sotto torchio Cameron, Chase e Foreman per scoprire qualcosa in più sul cinico dottore del Princeton Hospital.
Tritter mette alle strette Wilson, ma il dottore, pur di aiutare il suo amico, decide di tenere la bocca chiusa e questo gli si ritorce contro quando il poliziotto gli impedisce di fare nuove prescrizioni. A questo punto, non potendo somministrare farmaci ai suoi pazienti, Wilson chiede aiuto a House ma lui, preso troppo dal suo caso, si dimentica di James e ciò finisce per compromettere la loro amicizia. Sfidati dal loro mentore, Cameron, Foreman e Chase cercano di scoprire la causa del grave malessere di un giovane diciottenne. Ognuno ha una diversa diagnosi e con loro sorpresa si rendono conto di avere tutti e tre ragione.
House cerca di salvare la vita a una giovane ragazza affetta da una grave forma di pancreatite. Tuttavia, ogni suo tentativo di curarla è ostacolato dai genitori della ragazza, da qualche tempo separati, i quali rifiutano qualsiasi trattamento medico. Per il bene della giovane, House si vede quindi costretto a portare i due in tribunale, e sebbene riesca nel suo intento, il giudice decide di affidare ogni decisione alla dottoressa Cuddy. Nel frattempo, Tritter si sente a un passo dal raggiungimento del suo obiettivo e prova a stringere un accordo con uno dei subordinati di House.
CuriositàDavid Morse (Tritter) ha ricevuto una nomination agli Emmy per il suo ruolo da guest star in questo episodio.
La diatriba tra House e Tritter giunge alle battute finali. Dopo lo stop alle forniture di Vicodin impostogli dalla Cuddy e l'allontanamento dai suoi pazienti, tra cui una ragazza presumibilmente affetta da nanismo, un House sempre più sofferente si vede costretto a escogitare un modo poco etico per ottenere un farmaco in grado di calmare il dolore alla gamba. Decide quindi di ritirare dalla farmacia un medicinale destinato a un paziente con il cancro, omettendo che quest'ultimo è deceduto da poco. Tritter, però, scopre l'inganno e ora ha la prova per incastrare il dottore.
CuriositàA partire da questo episodio il nome dell'attore interprete del paziente è incluso nei crediti di apertura.
Cosciente del fatto che la sua cocciutaggine potrebbe impedirgli di essere un dottore per il resto della sua vita, House trova il coraggio per scusarsi con Tritter, senza ottenere alcun risultato. Decide quindi di entrare in riabilitazione, pur assumendo di nascosto del Vicodin, ma neppure questo tentativo riesce a smuovere Tritter, il quale lo reputa un falso. Nel frattempo, Cameron, Foreman e Chase, in assenza di House, faticano a capire le cause del malessere di un vigile del fuoco, e finiscono per commettere un grave errore quando cancellano i ricordi del paziente con sedute di elettroshock che non portano ad alcun risultato. Pur di salvargli la vita, House si assenta dall'aula in cui sta per essere giudicato. Tuttavia, dopo essere stata chiamata a testimoniare, la dottoressa Cuddy riesce a far scagionare House presentando delle prove in realtà false.
Dopo aver fabbricato delle prove false per evitargli il carcere, la dottoressa Cuddy rivendica il grosso debito che ora House ha nei suoi confronti e costringe il cinico dottore a lavorare a tempo pieno nella clinica dell'ospedale. Gregory accetta suo malgrado e qui s’imbatte in una giovane vittima di uno stupro la quale, pur non mostrando sintomi curabili da un diagnosta specializzato in malattie infettive e nefrologia, chiede a House di essere ricoverata e di confidarsi con lei. Nel frattempo, Cameron si prende cura di un malato di cancro terminale deciso a rifiutare qualsiasi trattamento medico.
CuriositàNella scena in cui dice ai pazienti di lasciare la clinica, House afferra un anziano con un cappello che ha sputato del sangue su un fazzoletto, formando l'anagramma DS - David Shore, ideatore della serie e sceneggiatore di questo episodio.
Un giovane ragazzo rom è ricoverato al Princeton in seguito a una crisi respiratoria. House, che sta già avendo una diatriba con la Cuddy per via del suo parcheggio troppo lontano dall'edificio centrale, si scontra anche con i genitori del giovane, i quali si rifiutano di acconsentire a qualsiasi trattamento sperimentale a causa delle loro restrittive credenze popolari. House però escogita il modo per eludere la loro sorveglianza, e con la collaborazione del suo staff, riesce a scoprire il motivo apparentemente banale che stava uccidendo il giovane.
House chiede di allontanarsi dall'ambulatorio per dedicarsi più concretamente al caso di una ragazza arrivata in ospedale dopo un brutto incidente automobilistico. Hanna è affetta da una malattia molto rara, non prova alcun tipo di dolore, e sebbene l'incidente non sembri averle provocato danni gravi, House insiste affinché sia fatta chiarezza sui motivi di tale insensibilità. Scopre così, grazie a un'intuizione, che la causa è un verme, una tenia lunga otto metri cresciuta nell'intestino della giovane. Nel frattempo, Lisa ha un appuntamento al buio, prontamente rovinato dall'invadenza di House.
In seguito a una paralisi alla mano sinistra, un genio del pianoforte è ricoverato al Princeton-Plainsboro Hospital e sottoposto alle cure del team guidato da House. Dopo diverse analisi invasive, House comprende che l'unico modo per curare il suo paziente è rimuovergli parte del cervello. Non trova però l'appoggio del genitore, il quale è spaventato dalla possibilità che il figlio possa non accettare la perdita del suo dono. Nel frattempo, Cameron, Foreman, Chase, Cuddy e Wilson sono sconvolti dalla loro scoperta: House ha fissato in segreto un appuntamento con un famoso oncologo per un presunto tumore al cervello. Decisa a capire quali sono le vere condizioni del suo mentore, Cameron arriva a baciarlo pur di estorcergli un campione di sangue per alcune analisi. La verità, però, è un'altra.
CuriositàHugh Laurie è stato nominato a un Emmy come miglior attore protagonista in una serie drammatica per la sua performance in questo episodio.
House è ossessionato da uno strano sogno: si trova su uno scenario di guerra, e dopo essere rimasto gravemente ferito a una gamba, è tratto in salvo da un soldato, lo stesso presentatosi ora in ospedale con quelli che sostiene siano i sintomi della presunta sindrome da Guerra del Golfo. Mentre il dottore cerca di capire perché quell'uomo era nel suo sogno, dove l’ha già visto, e coinvolge in questa ricerca l'intero staff, le condizioni del soldato peggiorano e nessuno sembra dare una spiegazione plausibile alla sua malattia. Cameron e Chase continuano a essere degli improbabili compagni di sesso, ma il loro segreto sta per essere scoperto.
Una famosa fotografa ha un ictus che mette a repentaglio la vita del bambino che porta in grembo. La donna, ormai quarantenne, sta cercando di rimanere incinta da molti anni, e temendo di perdere l'ultima possibilità rimastale di essere madre, si rifiuta di accettare le cure proposte da House e dal suo staff. Quando però il bambino si rivela la causa del malessere di cui la donna sta soffrendo, i dottori iniziano a domandarsi se sia giusto salvare la vita della paziente o del suo bambino. In questo si rivela di grande aiuto la dottoressa Cuddy, disposta a rischiare pur di salvare entrambi. Ora che la relazione sessuale tra Cameron e Chase non è più un segreto, tutti si chiedono quale sarà la reazione di House.
CuriositàIn una scena di questo episodio, mentre sta prenotando un volo aereo, House elenca alcune città nelle quali non vorrebbe sostare. Tra queste c'è London, in Ontario, che è anche la città natale di David Shore, l'ideatore della serie.
Di ritorno dalla sua vacanza, House e la Cuddy si trovano di fronte a una situazione critica quando uno dei passeggeri del loro volo si sente male. Mentre House sostiene che la colpa sia solo del cibo servito a bordo, Lisa è più pessimista e teme un caso di meningite; se così fosse, moriranno tutti prima dell'atterraggio. La situazione peggiora quando altri passeggeri, inclusa Cuddy, mostrano gli stessi sintomi del paziente numero zero. In ospedale, nel frattempo, lo staff di House è alle prese con il caso di una donna che soffre di alcune strane crisi dopo essere tornata da una vacanza. Cameron mette fine all'accordo con Chase quando quest'ultimo le chiede di essere più di semplici compagni di sesso.
In barba ai dissapori esistenti tra Cameron e Chase dopo la rottura del loro accordo, House continua a far lavorare a stretto contatto i due tirocinanti, che sono impegnati nell'ennesima investigazione nell'appartamento del loro nuovo paziente: una bambina di sei anni. Nulla d’insolito eccetto un indumento sporco di sangue. Sospettosi nei confronti del padre, che avrebbe potuto abusare della figlia, i dottori decidono quindi di sottoporre la piccola a nuovi esami, i quali rivelano un'attività ormonale insolita in un paziente di quell’età. Quando però si accorge che anche il fratello, poco più grande, manifesta gli stessi sintomi, House inizia a credere che la causa involontaria sia il padre e la sua relazione con la giovane insegnante della figlia.
CuriositàJoel David Moore (Eddie) aveva interpretato un ruolo anche nel dodicesimo episodio della terza stagione, Giorno nuovo... stanza nuova.
Foreman è molto preso dal caso di una donna arrivata in ospedale in condizioni critiche: il suo cervello si è congelato in seguito a un attacco ischemico. Il dottore è convinto che la donna sia una bugiarda e che ha abusato di droghe, ma si accorge troppo tardi che la vera causa del suo malessere è un'infezione, arrivata a uno stadio troppo avanzato per essere curata e salvarle la vita. Mentre Foreman assiste impotente alla sua sconfitta, House non riesce a capacitarsi del fatto che il suo amico Wilson stia continuando a uscire con Lisa.
Nick sta per donare il suo midollo osseo al fratello Matty, gravemente malato di leucemia. Poco prima del trapianto, però, lo staff di House si accorge che l'intervento non può essere eseguito a causa di un malessere non facilmente diagnosticabile riscontrato nel donatore. Ora i dottori hanno cinque giorni per salvare la vita al ragazzo ed eseguire il trapianto che salverà anche Matty. Mentre Foreman fa i conti con il senso di colpa per la morte della sua paziente, la situazione dei due fratelli si complica quando House comprende che uno dei ragazzi dovrà morire per salvare la vita all'altro. I genitori, però, non riescono ad accettare questa terribile realtà e acconsentire alla terapia. Uno dei ragazzi, così, decide volontariamente di sacrificarsi, ma Wilson e Foreman riescono a individuare la causa del problema giusto in tempo. Essendo Matty ormai in fin di vita, Foreman si vede costretto a prelevare il midollo da Nick senza l'anestesia.
Il suo comportamento nell’ultimo periodo, spingono Foreman a rassegnare le dimissioni tra lo stupore dei suoi colleghi. Nel frattempo, lo staff è impegnato con il caso di una giovane donna che ha avuto una crisi durante una lezione di arti marziali. In un primo momento la causa del suo malessere resta un grande mistero ma House comprende in seguito che la ragazza gli ha mentito e ha tentato il suicidio ingerendo delle capsule di detersivo. Il dottore cerca anche un modo per dimostrare che Wilson sta facendo uso di antidepressivi.
Un giovane e arrogante ragazzino, un campione degli scacchi, arriva in ospedale dopo una crisi. Secondo House i motivi del suo terribile comportamento sono da ricercare nel male di cui sta soffrendo, una notizia presa con sollievo dalla madre che da anni subisce le sue violenze. Nel frattempo, deciso a non diventare come il suo mentore, Foreman inizia a vagliare la possibilità di trasferirsi in un ospedale di New York, ma scopre che qualcuno ha cancellato il suo colloquio. E' stato House? O qualcuno tra Cuddy, Wilson, Cameron e Chase? Decisa a tenere Foreman al Princeton, Lisa gli propone un aumento di stipendio e uno staff medico tutto suo.
Una coppia di cubani affronta le intemperie dell'oceano per raggiungere gli Stati Uniti e incontrare il celebre Dr. House, l'unico che potrebbe guarire i problemi di cuore della donna. Fare una diagnosi corretta, tuttavia, non è facile, anche perché l'intero staff è in agitazione per le imminenti dimissioni di Foreman e il licenziamento di Chase, voluto a sorpresa da House. Durante un intervento, la donna ha un arresto cardiaco. Tutti credono si sia trattato di un errore umano, ma House non è della stessa opinione; secondo Wilson perché sta cercando di assecondare Foreman in modo da convincerlo a restare. Il giovane, però, lascia ugualmente il Princeton dopo l'ennesimo battibecco con House, il quale più tardi scopre che anche Cameron ha dato le sue dimissioni.