Dopo la rottura di un'antica tregua fra la razza umana e l'invisibile regno fantastico, l'Inferno sta per scatenarsi ancora una volta sulla Terra. Un leader spietato che calpesta i due mondi, sfida la sua stirpe, e risveglia un indomito esercito di creature. Toccherà quindi al supereroe più forte del pianeta combattere contro il sanguinario dittatore e i suoi predoni. Che sia rosso, che abbia le corna, che sia in fondo un incompreso, solo Hellboy (Ron Perlman) può toglierlo di mezzo. La squadra del Bureau for Paranormal Research and Defense (Dipartimento per la Ricerca Paranormale e la Difesa) , composta dalla pirocinetica fidanzata Liz (Selma Blair), dal mutante acquatico Abe (Doug Jones) e dal mistico protoplasmatico Johann, si muoverà fra la superfice terrestre e la magica area invisibile dove le creature fantastiche acquistano un corpo. Hellboy, una creatura di due mondi che non è accettato da nessuno di essi, deve scegliere fra la vita che conosce e l'ignoto destino che lo attende.

Più grande, più cattivo... ma ancora rosso: ritorna Hellboy (dal pressbook del film)
Per Hellboy The Golden Army, il regista Guillermo del Toro e il creatore del fumetto Mignola volevano una storia con più strati e livelli di quanti non ve ne fossero nel primo Hellboy, perché questa volta non dovevano più preoccuparsi della storia delle origini ben narrata dal primo film."Mitologia e folklore sono sempre stati presenti nei fumetti di Hellboy, ma nel primo film non li abbiamo mostrati - nota Mignola - così invece di Rasputin, dei Nazisti, di scienziati matti, abbiamo optato per il soprannaturale."
Dopo aver lavorato al soggetto e alle linee guida della storia con Mignola, del Toro ha trascorso due anni e mezzo a scrivere la sceneggiatura di Hellboy: The Golden Army. Ha ignorato le solite convenzioni dei sequel, dato che la storia delle origini dell’eroe e dello sfondo era stata già narrata nel primo film, e si è concentrato sul racconto di una favola dark in cui il mondo di creature magiche che hanno vissuto per secoli al di sotto degli uomini, alla fine ne hanno abbastanza e iniziano una rivolta. Era tempo per Hellboy di fare una scelta: da quale parte della barricata sta?
"Non c'era bisogno di ricapitolare o rispiegare chi fossero tutti" dice del Toro. "Siamo andati avanti. E‘ una storia completamente nuova, una favola dark, toccante. Si può prendere l’aspetto più terribile, melodrammatico e sottolinearlo, ma dato che lo stai facendo interpretare a dei mostri, assume da solo un significato diverso. Il bello di queste storie è che, in un universo irriconoscibile, ci sono delle riconoscibilissime emozioni umane."